Trakya Kalkınma Ajansı Yönetim Kurulu 11 üyeden oluşmakta ve ajansın karar alma organı olarak çalışmaktadır. Yönetim kurulu başkanlığı, TR21 Trakya Bölgesi’ni oluşturan üç ilin valileri tarafından, dönüşümlü olarak birer yıl süreyle yürütülmektedir. Kurul, başkanın daveti üzerine üye tamsayısının yarısından bir fazlası ile her ay en az bir kez toplanır. Yönetim kurulu, toplantıya katılanların oy çokluğu ile karar alır. Eşitlik durumunda, başkanın oyu yönünde karar alınır. Ajans genel sekreteri, oy hakkı olmamak kaydı ile yönetim kurulu toplantılarına katılır.